南大東島は、サンゴ礁が隆起してできた島で、石灰岩が多くを占めています。
そのため、島にはおよそ200カ所もの鍾乳洞があります。島の地形は、「環礁」と呼ばれるドーナツ型をしており、外周部分は崖になり、中央部分が低地となっています。島の地下には、雨水や地下水が長い時間をかけて石灰岩を削り、鍾乳洞を作り出しました。これらの鍾乳洞は自然の力で形作られ、まるで地下の芸術作品のようです。島を訪れると、深い海に囲まれたこの「絶海の孤島」ならではの独特の雰囲気とともに、神秘的な鍾乳洞を楽しむことができます。

南大東島には大小100以上の池があり、その中でも「大池」は特に有名です。
この池は沖縄県内で最大の天然湖として知られ、周囲にはマングローブ林が広がっています。大池は島の北西部に位置し、周囲はオヒルギなどの樹木で囲まれており、静かな雰囲気が漂います。
池の近くに接近するのは少し難しいですが、北側には展望台があり、ここから大池を一望することができます。大池はその広さや周囲の自然環境から、南大東島の貴重な自然スポットとなっており、訪れる人々に静かで落ち着いたひとときを提供しています。